La chiesa di S. Bartolomeo a Rovigo risale al 1244, periodo in cui gli Umiliati, insediatisi in città, edificarono la prima cappella ed iniziarono a costruire il monastero che divenne nel 1474, ad opera di Papa Sisto IV, Monastero olivetano di S. Bartolomeo.
Nel 1555 Fra Pallea iniziò la costruzione della chiesa attuale dedicata alla Madonna e a S. Bartolomeo.
L’edificio si compone di una sola navata con volta a botte. All’interno sono custodite opere di pregio artistico: Il transito di S. Benedetto di Giovanni Murari, le Tentazioni del Beato Bernardo Tolomei (1686) di Giovanni Maria Viani; dello stesso anno è Il martirio di S. Aurelio di Francesco Ferrari. Attribuito a Benedetto Gennai, nipote del Guercino, è Il martirio di S. Bartolomeo (1697).
Sono degne di nota anche le opere del lendinarese Francesco Mosca e la Deposizione di Antonio Triva, S. Rocco e la Vergine (1724) di Giovanni Bambini, l’Apparizione della Vergine a S. Carlo Borromeo di Tommaso Sciacca (fine ’700) e una Immacolata Concezione attribuita a Gaetano Zompini.
Ai lati dell’altare due Angeli in marmo scolpiti da Giusto Le Court e un prezioso organo del 1778 recentemente restaurato di Gaetano Callido.
La torre campanaria del ’500 probabilmente fu progettata da Fra Giovanni da Verona.

L’edificazione del monastero nel 1244 fu opera della congregazione degli Umiliati che furono sostituiti dai monaci olivetani nel 1474 che costruirono un nuovo complesso il Monastero olivetano di S. Bartolomeo, riconosciuto dal papa, dotato di un bellissimo chiostro rinascimentale. Nel ’500 fu eretto un nuovo chiostro, ampliato il dormitorio, arricchiti gli interni con affreschi, allestiti due nuovi cortili.
La soppressione delle congregazioni religiose e la vendita dei beni all’asta nel periodo Napoleonico, non risparmiò gli Olivetani e nel 1797 il centro fu occupato dalle truppe francesi. Il convento fu soppresso nel 1810. Acquistato da un privato fu successivamente donato al comune di Rovigo e adibito a casa di riposo dal 1832 al 1978. Questa destinazione, il degrado in cui venne lasciato il complesso monastico, interventi inadeguati ne alterarono le strutture originarie.
Nel 1979 venne destinato a sede museale e nel 1990 iniziò il restauro. Dal 1998 è sede del Museo dei Grandi Fiumi, centro di cultura e di ricerca.

Il monastero è un ottimo esempio di architettura conventuale benedettina. Di particolare interesse il chiostro del ’500, si presume opera di Biagio Rossetti, dove si nota l’elegante equilibrio stilistico delle esili colonne e volte a crociera, esempio unico in Polesine; al centro una magnifica vera da pozzo probabilmente del Sansovino.
Il dormitorio è dotato di salone centrale lungo 80 metri. Una traccia degli affreschi del ’500 che raffigurano S. Bartolomeo si può ammirare sopra la porta del refettorio