La Chiesa di S. Francesco a Rovigo fu edificata nel 1297. Obizzo II d’Este nel suo testamento aveva previsto di destinare una certa somma alla costruzione di un convento per i frati minori di S. Francesco che risiedevano dal 1213 in un edificio attiguo alla Chiesa del Cristo.
Il complesso architettonico si sviluppò attorno ad un chiostro nel cui lato sud si trovava la chiesa, il cui progetto originale seguì lo stile architettonico francescano e i dettami di S. Bonaventura; l’edificio era infatti ad una navata con copertura in legno e incorporava nella parte terminale il campanile.

La pianta, un variante di croce egizia, non era utilizzata frequentemente in Veneto. Nel transetto attuale sono ancora presenti due monofore gotiche che appartenevano alla prima struttura.
Successivamente fu costruito un secondo chiostro che collegava l’antico edificio sacro (chiesa del Cristo) al convento, dove le nobili famiglie rodigine collocarono le loro tombe; un orto occupava gran parte di Piazza XX Settembre. Dopo pochi anni sorsero ai fianchi della navata le prime cappelle gentilizie.

Nel 1413 l’edificio fu ingrandito con l’aggiunta di una seconda navata e nel 1520 fu terminato il campanile che si ergeva sulla cappella all’estrema destra del transetto; l’ampliamento della cappella maggiore risale a 13 anni più tardi. Nel 1559 il complesso architettonico divenne sede dell’Ufficio dell’Inquisizione e si dotò di pregevoli opere d’arte.
L’avvento di Napoleone nel 1797 causò la fuga dei frati e il convento divenne caserma. Nel 1806 la parrocchia di S.Giustina fu trasferita in S. Francesco e la chiesa, che sorgeva nell’attuale Piazza Garibaldi, fu demolita (1809). Una parte del convento divenne dunque canonica.
Nel 1827 il rifacimento alterò il carattere primigenio della struttura, furono collocate 5 statue sulla facciata, l’edificio utilizzato per usi pubblici e successivamente abbandonato finché nel 1837 si demolirono alcune parti pericolanti. La facciata neoclassica fu completata nel 1891.

Attualmente del corpo di fabbrica del primo chiostro, oggi sede della canonica, è rimasta la sala capitolare con cinque archi esterni acuti e due stemmi quadrangolari in marmo bianco, ai lati del portale d’ingresso, raffiguranti due aquile estensi.
All’interno della chiesa sono conservate una serie di opere pittoriche del ’500 di stile ferrarese-emiliano.
Una Madonna in trono tra S. Andrea e S. Pietro (1505-13) di Domenico Panetti, collocata nella cappella omonima, fatta erigere nel 1505 dalla famiglia Canalini che commissionò l’opera pittorica. La pala è un olio su tela che rappresenta al centro la Madonna con in braccio il bambino posta su un trono con baldacchino; a sinistra Sant’Andrea e a destra San Pietro. L’artista fa riferimento alla tradizione del ’400.
Di pregevole fattura sono: L’Apparizione dello Spirito Santo e una tavoletta con S. Francesco che riceve le stimmate di Girolamo da Carpi.

Il Battesimo di Cristo del 1542, attribuito al Maestro dei dodici Apostoli, è collocato nella cappella dedicata a S. Giovanni Battista che apparteneva in origine alla famiglia Malanguin. La stupenda tavola è inserita in una cornice di legno dorato su cui sono posti dipinti di piccole dimensioni. L’opera, ambientata sulle sponde del Giordano, raffigura al centro Giovanni Battista e Gesù, sulla sinistra un angelo inginocchiato, sulla parte superiore la colomba (lo Spirito Santo) e Dio Padre. Le figure principali sono di impianto michelangiolesco.
Da citare anche S. Francesco tra S. Girolamo e S. Giovanni Battista con la Madonna e il Bambino in Gloria (1587) del Bastianino.

Si possono ammirare opere di gusto veneto: la Madonna con Bambino e S. Antonio da Padova probabilmente del Cariani, una Pietà con S. Stefano e S. Bellino scultura marmorea in altorilievo di Tullio Lombardo (1526) e un Acquasantiera con decorazioni.
Inoltre: una Madonna con Bambino tra S. Caterina e S. Andrea di Polidoro Veneziano, un Cristo Incoronato di Spine, un bassorilievo marmoreo raffigurante la Vergine tra S. Lorenzo e S. Giovanni Battista del 1572, una Presentazione al tempio del Novelli e un Crocefisso quattrocentesco.
La statua di marmo di S. Lorenzo (del ’700) che si trova dal 1866 nell’ omonima cappella, la terza da destra, proveniva dall’oratorio di Villa Redetti. L’opera in marmo bianco di due metri, con tutta probabilità scolpita da Giovanni Maria Morlaiter, è di scuola veneziana.